El diagnóstico diferencial de las infecciones que causan meningitis crónica persistente son Criptococcal neoformans, Treponema pallidum, M. tuberculosis, Borrelia burgdorferi (agente de la enfermedad de Lyme), B. henselae (agente de la enfermedad por arañazo de gato) y micosis endémicas (Histoplasmosis capsulatum y Coccidioides immitis). Cabe señalar que pocos pacientes sobreviven más de 4 a 6 semanas con meningitis tuberculosa sin tratar.