El diagnóstico diferencial de las infecciones que causan meningitis crónica persistente son Criptococcal neoformans, Treponema pallidum, M. tuberculosis, Borrelia burgdorferi (agente de la enfermedad de Lyme), B. henselae (agente de la enfermedad por arañazo de gato) y micosis endémicas (Histoplasmosis capsulatum y Coccidioides immitis). Cabe señalar que pocos pacientes sobreviven más de 4 a 6 semanas con meningitis tuberculosa sin tratar.

 Un paciente que presenta fiebre y dolor de espalda, junto con sensibilidad focal en la apófisis espinosa a la palpación, debe considerarse que tiene un absceso epidural hasta que se demuestre lo contrario. La fiebre, que es una pista útil, no está presente en las causas mecánicas del dolor de espalda. La resonancia magnética (IRM) es una modalidad de diagnóstico por imágenes sensible para el diagnóstico temprano del absceso epidural. Es imperativo pensar en este diagnóstico antes de que ocurra un deterioro neurológico (debilidad de las extremidades, incontinencia intestinal o vesical, parálisis) porque cuanto antes se instaure el drenaje quirúrgico y la terapia con antibióticos, mayor será la posibilidad de preservar la función neurológica.

 La mayoría de los empiemas subdurales son secundarios a la extensión local de la sinusitis, mientras que la otitis media y la mastoiditis son causas relativamente menos comunes.

 La tromboflebitis séptica de la vena yugular se denomina síndrome de Lemierre y el agente causal es Fusobacterium necrophorum. Es una infección del espacio paramandibular que afecta el compartimento posterior del espacio faríngeo lateral. Por lo general, se presenta con dolor a la palpación en el ángulo de la mandíbula, pero en realidad se observa poco o nada, salvo en una tomografía computarizada (TC). Los émbolos suelen dirigirse a las articulaciones y los pulmones según los 20 casos descritos por Lemierre en 1936.

 El hallazgo de candidemia debe motivar una evaluación oftalmológica para descartar endoftalmitis candidiásica, que puede provocar ceguera permanente si no se trata de forma temprana y agresiva.

Se debe sospechar actinomicosis en una paciente que desarrolla enfermedad inflamatoria pélvica en el contexto de un dispositivo anticonceptivo intrauterino. 

 La vacuna contra el bacilo de Calmette-Guérin (BCG) es una forma viva atenuada de Mycobacterium bovis y no debe administrarse a huéspedes inmunodeprimidos por temor a precipitar una BCGosis diseminada.